传统科研模式中研究成果的呈现形式往往局限于论文PDF格式与片段代码。但想要实际应用，却需跨越安装依赖、配置环境、调试参数与数据路径等一系列繁琐环节。任何一个步骤出现偏差，都可能导致研究成果无法复现。这一困境使得大量优秀的方法被困在静态文档中，难以实现广泛应用与验证。

为此，我们在开源框架Paper2Agent的基础上开发了一个交互可视化的版本。跳过了所有繁琐步骤，自动将论文转化为AI智能体。在正确的数据和设置下运行真实代码，直接给出结果。

  • 无需用户进行手动调试或复杂配置，系统可视化交互响应操作。
  • 不仅能在预设的标准化环境中精准运行论文原始代码，高度复现原研究结果，还能灵活处理全新的个性化查询。

  • 在AlphaGenome、TISSUE、Scanpy 等多个重负载案例中经过测试，均实现了与原论文结果的高度一致，充分验证了其在复杂场景下的稳定实用性。



核心架构

Paper2Agent 的核心架构以MCP 协议为核心支撑，将每篇论文封装为遵循MCP 协议的 Server，该协议捆绑了可执行工具、静态资源和分步提示，能够确保输入输出逻辑清晰，使具备函数调用能力的语言模型代理可直接通过自然语言调用相关工具，无需额外编写代码。
  • 通过MCP 协议，将论文中的数据集、代码路径、多步工作流等核心资源，统一编码为可寻址、可组合、可查询的标准化资源，让原本分散的科研方法形成一个清晰、规整的调用接口。
  • 打包整合论文所需的可执行工具函数、静态资源和步骤化Prompt，使静态的科研文档转变为可演示、可应用、可适配的动态系统，将成果复现过程本身封装成稳定可靠的调用接口。
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实现流程

论文MCP服务器的构建过程由编排器协调三类代理协同完成，全程注重可靠性与可复现性：
  • 环境搭建：以确定论文代码库为基础，由环境代理搭建可复现的依赖环境，并严格锁定依赖版本，从源头避免环境差异导致的运行故障。
  • 工具抽取：抽取代理将论文脚本拆解为单一职责的独立工具，确保每个工具功能明确、边界清晰，可被单独调用且互不干扰。
  • 测试优化：测试代理持续运行打磨工具，直至工具行为符合预期。
  • 封装部署：通过验证的工具会被封装为Python MCP 服务并部署，方便科研人员协作共享，大幅降低成果复用与传播的成本。

整个构建过程中，每个工具均保留回溯至原始源代码的线索，确保行为可追踪、可追溯；同时优先通过已审校的工具完成调用，减少自由生成代码带来的随机性，进一步保障了系统运行的稳定性与结果的可靠性。

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重塑新范式

Paper2Agent 的核心价值在于推动科研成果从 “读论文” 的静态认知阶段，到“用论文” 的动态应用阶段，即开即用的特性减轻环境配置与依赖处理上的负担。通过MCP 协议实现接口标准化，为不同研究方法的复用、组合与多流程编排提供了便利，助力跨领域、跨团队的科研协同。随着技术的持续迭代，Paper2Agent 有望让每一篇论文都成为一个可独立调用、可组合协作的服务单元。这一模式将进一步打破科研成果转化的壁垒，加速跨领域研究的协同创新，让前沿科研方法更快地落地应用，为科研创新注入新的强大动力。


使用说明

初始配置：首次使用需先完成模型配置，点击页面右上角的"模型配置"进入模型配置中心，选择"主模型配置"选项，根据需求设置LLM参数，设置完成后点击"保存当前配置"确认，后续点击"配置验证器" 选项，补充设置验证LLM参数，完成模型配置。

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文件选择：选择输入文件的类型，支持PDF、DOCX、 DOC、TXT格式的文档，以及Python脚本、Jupyter Notebook 格式的脚本。按需选择选择对应文件类型，点击"选择文件"导入已选定类型的目标文件。若需快速掌握文件核心内容，可选择点击"文章理解"，AI会自动精读文件并生成结构化摘要，摘要结果会实时显示在中间的"AI论文理解"展示区域。

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输出设置：可自定义设置输出文件夹路径，精准指定文件保存位置，自定义输入项目名称，便于后续识别和管理生成的文件，若需恢复默认存储规则，点击「重置默认输出路径」即可还原系统预设配置。

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开始转换：点击"开始转换"，启动文件处理流程，右侧面板将实时显示转换处理阶段，无需额外操作，等待处理完成后，系统将自动生成完整的项目文件包在指定目录。输出结果包含两个文件夹，一个包含代码运行文件，一个包含项目运行文件，项目运行文件输出结构包含一下内容：

├─ src/
│   
├─ tools.py  (提取的工具函数)
│   
├─ mcp_server.py  (MCP服务器)
│   
├─ web_api.py  (Web API接口)
│   
└─ mock_system.py  (依赖模拟系统)
├─ templates/
│   
└─ index.html  (Web界面)
├─ requirements.txt  (Python依赖)
├─ start.bat  (一键启动脚本)
├─ start_mcp.bat  (单独启动MCP)
└─ start_web.bat  (单独启动Web)
启动Agent：点击" 打开Agent"自动启动MCP服务和Web服务，稍等几秒后自动打开浏览器进行访问交互式 AI 智能体代理。或者双击输出项目文件夹里的start.bat文件进行启动。 
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下载信息

文章标题：Paper2Agent: Reimagining Research Papers As Interactive and Reliable AI Agents

文章链接：https://arxiv.org/abs/2509.06917

百度网盘链接: https://pan.baidu.com/s/18tfMBAoL-TTAkASdmcxBjQ?pwd=yqy9 提取码: yqy9